1、藥物：目前已知約有2%-3%的先天性畸形，是由藥物所引起的。容易引起畸形的藥物包括：男性荷爾蒙、酒精、某些抗生素、抗凝血劑、抗癲癇藥、抗癌藥、鎮定劑等。這些藥物影響所造成的畸形不盡相同，但常發生在腦部、心血管、面部和泌尿生殖系統。

　　2、先天性的胎內感染：例如麻疹、梅毒等。麻疹的胎內感染率及致畸形率，在懷孕頭三個月最高，常會導致孩子白內障、心臟病及聽覺異常。在胎內感染中，最常見的是濾過性病毒(如以上二者)，但目前尚未發現有濾過性病毒引起的流行性感冒導致先天性胎兒畸形的病例。

　　3、化學物質的污染：例如鉛、汞等，均是常見的畸胎原，易導致胎兒生長遲緩、神經系統及智力發展上的障礙。這種污染常見于被工業廢水污染的河川，化學物質會滲入水產類食物，由準媽媽食用而造成胎兒畸形。

　　4、放射線：它的致畸效應，常視放射線的劑量而定。一般的胸部X光照射，并不足以引起胎兒畸形，但累積的劑量越多，或照射的部位越靠近子宮的話，畸形的危險性越高。至于電腦顯示器的幅射量，是否會造成畸形，目前正在研究中，為以防萬一，還是少用電腦、手機為好。

　　5、咖啡因：在懷孕前三個月，每天喝超過三杯的咖啡或茶，會使流產的機率增加一倍！因為茶和咖啡都含有咖啡因，與流產及生出畸形兒有極大的關系。由于胎兒的肝臟尚未成熟，不能快速地代謝掉咖啡因，而咖啡因會加快胎兒心跳速率及新陳代謝速度，因此對胎兒有不良影響；此外，咖啡因也會降低母體血液流入子宮的速度，使供給胎兒的血中氧氣量與養分降低，影響胎兒的發育。再加上咖啡因有利尿的作用，使原本已經尿頻的準媽媽更加不方便，同時咖啡因還會造成鈣質的流失，并影響鐵質的吸收。